Mit dem Blut gelangt der Virus in die Lymphknoten, die Lymphozyten vermehren sich und er breitet sich über das gesamte Lymphsystem aus; die Lymphknoten vergrößern sich. Dieses Stadium wird meistens vom Besitzer nicht bemerkt. Wochen später kann die Katze Fieber bekommen und es erfolgt ein Abfall der Leukozyten. Infizierte Katzen können jahrelang unauffällig bleiben. Es beginnt jedoch eine Immunsuffizienz und die Abwehrkräfte nehmen ab. Andere Erkrankungen, hervorgerufen durch Bakterien oder Viren führen zu schwersten Erkrankungen. Dauerfieber, schlechtes Fell, Appetitverlust, Entzündungen des Zahnfleisches, Maulhöhle, Haut, Blase und obere Atemwege sind Anzeichen. Diese Sekundärinfektionen sind verantwortlich für die meisten Symptome, die mit einer FIV-Infektion im Zusammenhang stehen und sie sind der häufigste Tod positiver Katzen.